1966年，北京卫戍区进行了一次重要的扩编。原本正军级的单位被提升为正兵团级，司令员由北京军区副司令傅崇碧担任。这个卫戍区的任务非常关键，负责保护中央领导人和其他重要单位的安全。它下辖四个师，每个师包含六个团。换句话说，单个师的规模相当于普通两个师的兵力，而四个师的规模相当于八个师，按照军事编制，一个军通常包括三个师，因此相当于一个兵团的规模。最顶峰时，卫戍区的兵力曾达到超过10万人。

除了保卫中央领导的安全，卫戍区还肩负着确保首都北京的社会稳定的任务。由此可见，卫戍区在军事系统中的地位极为重要。

在领导架构上，卫戍区并不简单。卫戍区有一名司令员，而政委的配置则更为复杂，从最初的三位增至五位。第一政委是当时的副总理、公安部长，第二政委是北京市委的第一书记。尽管这些高级领导人担任了政委职务，但他们并不直接参与卫戍区的日常管理，这种做法在全国各大军区都有类似情况。例如，兰州军区的第一政委是地方省委的第一书记汪锋，而主持军委日常工作的则是冼恒汉；福州军区的第一政委是叶飞，日常工作的领导人则是刘培善；沈阳军区的第一政委是宋任穷，日常工作由赖传珠和曾绍山负责等。

由于卫戍区的工作异常繁忙，黄作珍在最初担任政委时，感到工作量过重，因此上级决定增加两位政委，分别是刘绍文和刘福。傅崇碧曾回忆道，卫戍区的文件数量比一些大军区还要多。

虽然卫戍区隶属于北京军区，但实际上它的指挥体系直接隶属于中央和总参，很多任务和决策无需经过军区层面，更多是直接执行中央与总参的命令。这样也使得卫戍区的地位逐渐上升，司令员的政治地位也得到了提升。每当中央开会时，除了大军区的司令员和政委，还有地方的省委书记等高级领导，卫戍区的司令员也是常常列席其中。尽管他的级别看似不高，但在很多方面，他的权限实际上超出了大军区司令员。

此外，卫戍区的干部调动也别具一格，所有重要干部的任命都需要经过总政部，然后报给总理和叶帅。而正师级以上的干部通常由总政部的干部部门负责任命，这意味着总政部对卫戍区的干部有一定的影响力，但没有直接的任免权。

卫戍区在特殊的10年里，可以说是权力和地位的巅峰。但自1977年后，虽然卫戍区仍维持兵团级的编制，但它的地位已经与之前无法相比。进入到1980年代后，卫戍区逐渐缩编，恢复到了50年代的正军级规模。