张居正是明朝万历年间的重要首辅，也是著名的改革家。他在任内推行了一系列重大改革，比如丈量田亩、实行考成法和一条鞭法，使大明王朝在走下坡路之际出现了短暂的中兴，被后人称为“宰相之杰”。然而，尽管他在治国上才智出众，却在自身权力与安全上处理不当。张居正去世后不到两年，他的学生万历皇帝就对他进行了彻底清算。这背后主要有几个原因。

首先，张居正在担任首辅期间几乎架空了皇帝。明朝开国皇帝朱元璋在留下广阔疆域的同时，也制定了《皇明祖训》，明确规定了财政、货币政策以及禁止设立丞相等事项。尤其是相权问题，朱元璋把权力掌控得非常严格，整个明朝200多年间都不允许设立丞相。自汉唐以来，皇权、相权和民权一直处于分立制衡之下，形成三权监督体系。汉唐之所以能成为盛世，正是依靠这种制度。

随着时间推移，明朝皇帝逐渐不再像朱元璋那样勤政，内阁逐渐承担了更多事务，首辅和掌印太监形成了“外相”“内相”之分，虽然不是正式的宰相，但实权巨大。如果朱元璋知道，恐怕会勃然大怒。

隆庆皇帝去世后，年仅十岁的万历即位。高拱作为内阁首辅，试图在幼帝之下增强阁权，但因操办司礼监掌印太监升迁存在猫腻，被冯保联合言官弹劾。冯保暗中与张居正结盟，凭借太后宠信，成功将高拱免职。张居正由此出任首辅，并通过结好司礼监及太后，获得了推行改革的有力支持。他通过考成法将行政事权从皇帝手中转移到内阁，行政效率大幅提升，国家财政得到充实。

其次，张居正自身过于张扬，也埋下了后续清算的隐患。万历六年，他请假回荆州为父亲安葬，接受了地方官献上的奢华轿子，显示了他个人的张扬和奢侈。此外，他对身边人的约束不严，也让外界产生了一定非议。

第三，小皇帝教育上的失误加剧了矛盾。张居正亲自编写《帝鉴图说》严格教育万历，小皇帝若有差错便遭斥责。而李太后在教育上也有失策之处，时常威胁万历告知张居正，使小皇帝心生恐惧。万历八岁时甚至曾因醉酒胡闹，险些被李太后废掉，幸得张居正调解并代为起草罪己诏才化解。

最后，万历自身贪财的性格也是原因之一。他继承了外祖父李伟的贪财本性，得知张居正家财丰厚时，下定决心抄没张家财产。尽管最终只抄得十万两银子，但足以显示其决心。

综上所述，张居正虽在治国上卓有成效，但他在权力掌控、个人作风和皇帝关系上的问题，使得万历在其死后不久便对其进行了彻底清算。根本原因，还是张居正在任首辅时几乎架空了皇帝。